などを参照。
アイテム変更系のMODがある場合、該当アイテムの日本語化espをオーバーライドしてしまうと無効になってしまいます。代表的な物では上記のあたりかと思われます。その場合はとりあえず読み込み順を変えて日本語化espを先にしてMODを読み込めば問題ありませんが、該当アイテムの日本語化は無効になります。
アイテムMODと日本語化を両立するには、該当MODのespファイルをCSで開いて日本語化ファイルをImportしていくという形になるのでしょうか。これを逐一やっていくのは大変そうですし、仮に各MODに対して日本語化を施してもそのまま配布というわけにはいかないでしょうし、ひとつひとつ許諾を取って日本語化バージョンのMODを作るような形というのはあまり現実的では無さそうに思えます。
日本語化したいユーザーの側で、各アイテムMODと日本語ファイルを簡単にマージできるような環境ができると良いのですが。CS使うことを前提にしてImport用のファイルを配布という形が一番現実的でしょうか?